После срыва Проекта совершенствования человечества мир продолжил жить своей обычной жизнью. Несмотря на воцарившееся спокойствие, специальное агентство NERV, ныне реорганизованное и переименованное в NERV JPN, не поверило тому, что Ангелы исчезли навсегда. Под руководством Верховного командующего Мисато Кацураги семнадцатилетние пилоты продолжают активно готовиться к новому пришествию врага. Однако опасность подкралась оттуда, откуда её совсем не ждали. Один из трёх симультанных клонов Рэй Аянами, являющихся частью «Глобальной сети поиска и уничтожения Ангелов», неожиданно теряет контроль над собой. На подавление восстания отправляют Еву-01, но Синдзи Икари не справляется с миссией и рискует погибнуть от луча вражеского газера.